Durante el siglo XVI, un grupo de familias de noble linaje compró al rey los cargos municipales de la villa de Cieza, que por esta época contaba ya con 160 vecinos. Estas familias controlarán el Concejo, por lo que parte de las tierras de uso comunal pasarán a manos de este grupo de terratenientes.

Los primeros años del siglo XVII traerán consigo la definitiva expulsión de los moriscos, musulmanes que no abandonaron la Península tras la reconquista, abandonando el Valle de Ricote. Este siglo en Cieza se halla protagonizado por los enfrentamientos entre diversos clanes familiares por el control del Concejo. Para finalizar estas disputas, el rey Carlos II enviará en 1674 al Marqués de los Vélez, que actuará como mediador en el conflicto. También tendrán un papel conciliador los monjes franciscanos del convento de Santa Ana de Jumilla, quienes en 1699 fundarían el convento de San Joaquín en Cieza.

A principios del siglo XVIII se construye en Cieza la Iglesia de la Asunción, se instauran cuatro milicias en la localidad a costa de sus habitantes, y entre 1701 y 1713, la ciudad apoya a Felipe V de Borbón en la Guerra de Sucesión, participando en las batallas del Huerto de las Bombas y de Zambrano. La ayuda prestada por los ciezanos será recompensada por Felipe V con la concesión del título de 'Muy noble y muy leal', así como con una serie de privilegios económicos que potenciarán el desarrollo económico de la villa a lo largo del siglo.

En el siglo XVIII se erigen en Cieza la Ermita de San Bartolomé, junto a la Casa de la Encomienda, sede del comendador de la Orden de Santiago, y el Convento e Iglesia de la Real Orden de Madres Descalzas de la Regla de Santa Clara.