Los primeros datos sobre el mismo datan del año 1603 en el que los franciscanos del Convento de Santa Ana del monte de Jumilla se trasladaron a la villa de Cieza. En 1761 Carlos II otorgaba la licencia para la construcción de un nuevo convento en Cieza. La orden franciscana reclamó derechos sobre el agua necesaria para regar el huerto del convento, otorgándosele la de la Fuente del Ojo.

Tras todos estos trámites sería en el año 1681 en el que se ultimaron los preparativos para el comienzo de la obra de remodelación de la antigua ermita de San Sebastián en Hospicio. En 1685 se puso la primera piedra en el lugar en que debía situarse el convento, celebrándose en 1699 la inauguración del mismo, en el que los ciezanos ofrecieron múltiples donaciones para el mejor funcionamiento de este.

Fray Benito de Salazar construyó en 1707 un grandioso retablo que se usaría hasta 1936. Como dato de interés no podemos obviar que el ciezano Fray Pascual Salmerón, primer historiador de Cieza, tomó los hábitos en este templo en 1735. Sus restos serían depositados en 1805 en la Capilla de los Afligidos, sita a la derecha del altar mayor de la iglesia.

En 1822 abandona casi totalmente el convento la comunidad franciscana quedando solo tres monjes al cuidado de la iglesia hasta que en 1836 se funda la sociedad benéfica ¿La Caridad¿, utilizándose a partir de entonces las celdas de los monjes como habitaciones para ancianos y desvalidos.

Mas adelante el edificio sería usado de múltiples maneras. Así por ejemplo, durante la guerra civil sería utilizado como hospital de soldados de las Brigadas Internacionales que lucharon a favor del bando republicano. Posteriormente se ocuparía parcialmente como sede de la Comandancia Militar de Cieza, Maternidad, etc., sin que dejara de ser también Asilo de Ancianos hasta que se construyera el Hogar San Jose y San Enrique a principios de los años 1980.

Uno de sus últimos usos, además de servir como dependencias de la Iglesia de San Joaquín, sería el Centro de Educación de Adultos. En el año 2000 el conjunto formado por el convento y su Iglesia fueron declarados Bien de Interés Cultural, con categoría de Monumento.